1. DNSサーバーにCNAMEレコードを登録
2. レジストリ追加
HKEY_LOCAL_MACHINESystemCurrentControlSetServicesLanmanServerParameters
値の名前: DisableStrictNameChecking
データ型: REG_DWORD
基数: 10 進
値: 1
その後、サーバーを再起動します。
3. SPNの登録
コマンド：
setspn -a host/<ファイルサーバのNETBIOS名> <新サーバのNETBIOS名>
setspn -a host/<ファイルサーバのFQDN> <新サーバのNETBIOS名>
上記の手順を行うことにより、別名でファイル共有を受け付けることが出来ました
Windows Server 2008R2の場合、setspnが必要なようです。